Capítulo 1: La búsqueda de Marth
Marth fue forzado a huir de Aritia, su lugar de origen, junto con algunos soldados mas cuando fue atacada por los enemigos hace unos años y hasta ahora Talis había sido su hogar. Pero de repente es atacado por los piratas de Garuda y Sheeda llega en busca de ayuda, ya que su padre, el Rey de Talis, esta en peligro. Así que Marth decide que la gente inocente no debe sufrir y se dirige a detener estos piratas.

Capítulo 2: Los piratas de Garuda
Una vez que Talis estuvo bajo control, su Rey estuvo tan agradecido que decide enviar al capitán Oguma más algunos cuantos para que escolten a Marth y Sheeda que decidió acompañarlo, mientras se dirige hacia Garuda y Orleans. Pero cuando llegaron a Garuda, se dieron cuenta de que ya había sido tomada por los piratas.

Capítulo 3: Las montañas del diablo
Después de tomar la base de los piratas los ciudadanos de Garuda le dieron a Marth sus agradecimientos, pero ahora hay que continuar. El único camino que pueden seguir es el nido de los ladrones, un lugar que fue llamado las montañas del diablo. Los bandidos capturaron a una Clériga llamada Rena, que se dedicaba a curar y ayudar a la gente que era atacada por los bandidos, pero gracias a la ayuda de un ladrón llamado Julian que se enamoró de ella, es que logra escapar. Pero como Julian es miembro de los bandidos, ellos no vieron bien esto y los comenzaron a perseguir.

Capítulo 4: Batallas en las praderas
Marth ya se encuentra mas cerca del la nación mas influyente del continente, Orleans. Pero Macedonia decide tratar de impedir el avance de Marth.

Capítulo 5: Los soldados de Orleans
Finalmente Marth y sus aliados han llegado a Orleans, pero cuando lo hicieron se dieron cuenta de que ya fue tomada por Macedonia. Los únicos que quedaban eran Hardin y algunos de sus tropas y la Princesa Nina.

Capítulo 6: Fire Emblem
Marth junto con Hardin y los demás mataron parte de los soldados de Macedonia, ya que cuando logran entrar al castillo el Rey de Orleans les da las gracias, pero les dice que aun quedan soldados de Macedonia resistiéndose adentro. Una vez que completes el capítulo la Princesa Nina, la princesa de Akanea, le pedirá a Marth que salve al continente y le dará a Marth el Fire Emblem, el emblema de Akanea, la reliquia que usó el grandioso guerrero Anri para detener a los Dragones hace mucho tiempo.

Capítulo 7: Trampa el Lefcandy
Ahora como Marth ayudó a tomar el control de Orleans se dirige hacia Pales, la capital de Akanea. Pero antes debe pasar por las montañas Lefcandy y justo en ese lugar están esperándole algunas tropas de Grunia, otro de los Reinos de Akanea (no la nación de Nina, el continente. Ya que tienen los mismos nombres pero no son lo mismo). Ellos están ayudados por el grupo de Caballeros Dragón de Macedonia, pero la comandante del grupo, Minerva, no ve bien esto… Cuando tomes el castillo el ministro te hablará algo sobre unas criaturas llamadas Mamkutes. Esos seres vivieron mucho antes de los seres humanos en Akaena, pero los dioses por alguna cierta razón cerraron el poder de los Mamkutes en rocas, adquiriendo forma humana mientras mantienen su poder en esas rocas. Un Mamkute llamado Medeus decidió tomar venganza ante los humanos, pero un guerrero llamado Anri combatió contra Medeus y logró ganar gracias a la ayuda de una espada llamada Falchion y así luego Anri fundó Aritia, el es uno de los antepasados de Marth.

Capítulo 8: El puerto de Warren
Después de las peleas anteriores, Marth se da su tiempo de detenerse y descansar en Warren, una ciudad que paga a Dolua para que no entren en guerras. Pero desafortunadamente Grunia decidió atacar y Marth, y junto con los guardias de Warren, Caesar y Radei deben detenerlos. Cuando ganes un tipo te hablara sobre los Piratas de Prady y su líder que es un Mamkute están cerca de esta zona…

Capítulo 9: El dragón rojo de Prady
Después de que Marth y sus aliados salvaran a Warren se encuentran con el Dragón rojo que les había dicho una persona anteriormente…

Capítulo 10: La Princesa de Minerva
Derrotaron al dragón rojo y aun deben llegar a Pales… pero también Marth deberá tratar de ayudar a Minerva. Ella esta siendo obligada a que luche contra Marth porque su hermana fue encarcelada por su hermano, el príncipe de Macedonia, y si logran encontrar a su hermana Maria podría haber una oportunidad. Cuando tomes el castillo Nina te hablara de un gran Sacerdote llamado Miroa y su poderosa magia, pero el murió recientemente entre una batalla contra otro mago llamado Garnef...

Capítulo 11: Mercado de esclavos de Norva
Finalmente ya están en el territorio de Pales y de las fuerzas de Grunia queda muy poco. Pero por esta zona hay un mercader que vende esclavos… cuando visitas la villa el vendedor le trata de vender a Marth un niño como esclavo, pero cuando se niega el supuesto niño revela ser Linda, la hija del Sacerdote Miroa. Cuando tomas el castillo Nina te dirá que algunos de sus hombres fueron atrapados y encarcelados dentro del castillo cuando intentaban tomarlo.

Capítulo 12: El Palacio de Akanea
Cuando lograron entrar ya estaban mas cerca de una victoria, pero algunos aliados estaban de rehenes… Cuando tomas el trono Nina te hablara y dará una de las armas legendarias, el Arco Patria. Son 3, Partria, Miracle Sword y Gladius, sin contar la Falchion, que fueron robadas.

Capítulo 13: Artilleros de Grunia
Pales fue liberada, quizás Marth pueda rehacer su nación pero aun le tocará enfrentarse al grupo de Artilleros de Grunia que le impedirán el paso.

Capítulo 14: Gra, una tierra dolorosa
Marth finalmente llega a Gra. Gra era un aliado de Aritia hasta que se unió con los enemigos y asesinó al padre de Marth. Pero ellos podrían ayudar a encontrar la Falchion para derrotar a Medeus que fue revivido. Una vez que tomes el torno, te dirán que la Falchion estaba aquí, pero corren los rumores de que fue robada por una persona llamada Garnef, Marth deberá buscarlo para poder derrotar a Medeus.

Capítulo 15: Khadain, nación de magia
Khadain es una nación de magos y magia, gobernada por Garnef quien fue el responsable de todo esto y fue quien revivió a Medeus. Por ahora es imposible ganarle... Cuando tomes el castillo una persona llamada Gato te hablará. El dirá que es el verdadero dueño de la magia que hace invencible a Garnef, Maph, y que Garnef tiene la Falchion pero no hay ninguna forma de obtenerla a no ser que tengas la magia Starlight para negar la inmunidad que le da la magia Maph. Pero para conseguir la Starlight primero se necesitan los orbes de la luz y de las estrellas mas el Fire Emblem.

Capítulo 16: Batalla por Aritia
Marth y sus aliados decidieron escapar de Khadain, ya que es imposible tener una oportunidad ante Garnef. Pero como ahora son más fuertes intentarán liberar a Aritia de Grunia y Dolua.

Capítulo 17: Lord Marth
Al fin tomaron el control del castillo de Aritia, pero aun quedan bastantes enemigos dentro y el ejército de Marth deberá luchar contra las fuerzas de Dolua, Macedonia, Grunia y Gra que los están esperando. Quizás pueda liberar de una vez su nación.

Capítulo 18: Equipo de caballeros de Grunia
Aritia fue liberada y ahora Marth se dirige al templo de Rahman para conseguir los orbes y obtener la magia Starlight. Pero las fuerzas de Grunia aun siguen tratando de impedir que Marth avance.

Capítulo 19: La Princesa Mamkute
Lograron llegar al templo de Rahman para conseguir los orbes, pero los guardias están bajo el hipnotismo de Garnef. Y entre ellos esta Chiki, una chica dragón nieta de Banut, que si lo tienes, la hace despertar del control de Garnef. Cuando tomes el trono y las orbes de los cofres, Nina te dirá que ya los tienes y es tiempo de ir donde Gato y conseguir la Starlight.

Capítulo 20: El Caballero negro Camus
Ahora toca pelear contra Grunia, liderada por el infame Camus que es el responsable de invadir Akanea y el que usa la lanza Gladius. A el fue que le ordenaron matar a la Princesa Nina, pero en vez de eso la ayudó a escapar... si haces luchar a Marth contra el le dirá que aun así no puede traicionar a su país y perder su honor.

Capítulo 21: Batalla decisiva de Macedonia
Grunia fue derrotada. Ahora solo quedan Macedonia y Dolua, esta es la ultima pelea contra Macedonia.

Capítulo 22: Jinetes Galopando en el cielo
Marth a llegado al Castillo de Macedonia donde está el príncipe Michael y sorprendentemente aun quedan de sus fuerzas. El grupo de Caballeros Dragón hará lo que sea para mantener su alianza don Dolua y matar a las fuerzas de Aritia aun si su príncipe muriera o escapara.

Capítulo 23: El malvado sacerdote Garnef
Macedonia ya esta acabada, ahora Marth decide de una vez por todas ir a luchar contra Garnef. Gato teletransporta al ejército de Marth a la torre de Thebes. Pero se encuentran a varios de los soldados que fueron hipnotizados por Garnef y varios clones del Garnef mismo. Una vez tomes el trono Marth se encontrará con su hermana Elice, el también trataba de buscarla, fue capturada cuando Marth huyó a Talis.

Capítulo 24: Una monarquía de Mamkutes
Macedonia, Gra, Grunia y Garnef… todos ellos cayeron, ahora solo queda Medeus y Dolua. Marth y su ejército están cerca de acabar con toda esta guerra.

Capítulo Final: La elección de muchos
Marth y su ejército finalmente llegaron al castillo de Dolua, donde se encuentra Medeus. Pero Gato, quien a estado presenciado todo el esfuerzo que ha hecho Marth, decide dejar el odio que tenía por los humanos, así decide ayudar a Marth en esta última batalla.