Aun con sus malas experiencias en las 3D, las cuales les llevaron a hacer sólo unos pocos juegos y la mayoría en 2d como Paper Mario, terminó saliendo este Fire Emblem para GC el 20 de Abril del 2005 en Japón celebrando los 15 años de la saga (Con un disco con 5 músicas del juego y un calendario con imágenes de todos los FE si los reservabas... en Japón), además que retomara muchas cosas de las que gozan los Fire Emblem 4 y 5, como las habilidades o skills, mayor dificultad, unidades mágicas y físicas a la ves y otras como personajes que se pueden transformar en aves o tigres... y por ser el primero en 3D, además que incluye excelentes imágenes FMV (Full Motion Video en ingles) y con voces.

La historia se desarrolla en el continente Tellius, donde existen 2 razas los humanos (llamados "Beorc") y los seres con apariencia humana que son capaces de transformarse (llamados "Laguz").Tomaremos el papel de un mercenario llamado Ike, él pertenece a un grupo de mercenarios del cual Greil (el padre de Ike) es el que los dirige. Pero Ike, rescata a una mujer que resulta ser la princesa de Crimea. El reino vecino, Daein, los ha invadido y ella necesita de su ayuda mientras viaja a Gallia. Ike llega a descubrir que su enemigo es el mismo reino Daein, el cual tiene un profundo odio hacia los Laguz.

Este juego además deja varias cosas sin responder o incompletas, por lo que continúa y ata los cabos en su secuela en Wii; Radiant Dawn.